Danişmend Gümüştegin Gazi, 1101yılında Anadolu’ya giren Haçlı Ordularına karşı Sultan I. Kılıç Arslan ile birlikte hareket ederek bu tehlikeyi savuşturduktan sonra Malatya’yı muhasara etti. Malatya halkına karşı merhametsizce davranan Ermeni komutan Gabriel’in zulmü dayanılmaz hale gelmiştir, bu duruma dayanamayan iki asker, şehri Danişmendiler’e teslim ettiler ve Gümüştegin Gazi de 18 Eylül 1102 Çarşamba günü Malatya’ya girdi, fetih müyesser oldu. Ermeni komutan Gabriel’in kötü idaresi sonucu büyük ıstıraplar çeken, açlık ve yokluğun pençesinde kıvranan Malatya halkı, şehrin Gümüştegin Gazi’nin eline geçmesi sonucu rahat bir nefes aldı, şehirde huzur ve sükun hali oluştu. Gümüştegin Ahmed Gazi’nin emri uyarınca, askerler şehre girince halka dokunmadılar, tellallarla halkın adaletli bir şekilde yönetileceği, baskı ve zulümden uzak durulacağı, Allahın hükmüyle mazluma dokunulmayıp ihtiyaçların karşılanacağı duyuruldu. Yalnızca şehirde değerli gördükleri şeylere el koydular. Danişmend Gümüştegin Gazi, halka gayet iyi davrandı ve onların evlerine dönmelerini sağladı. Sonra kendi ülkesinden gıda maddeleri, tohumluk bitki, damızlık hayvan ve Malatya halkı için gerekli olan diğer şeyleri getirterek halka dağıttı. Zindanlarda mahkûm olarak tutulan kimseleri serbest bıraktı ve onlara topraklarını geri verdi. Malatya halkı rahatlamış güven ortamı oluşmuş, şehir sakinleri huzurlu bir ortama kavuşmuş oldu.
1101 Yılı Haçlı Ordularına karşı girişilen mücadelelerden önce Danişmend Gazi’nin Sultan I. Kılıç Arslan’a Haçlıların mağlup edilerek Anadolu’dan uzaklaştırılması halinde yerine getireceğini taahhüt ettiği sözleri tutmaması Sultan Kılıç Arslan’ı kızdırdı. Sultan I. Kılıç Arslan kendisine yollanan 100.000 dirhemi Danişmend Gazi’ye geri göndererek, “Benim onun dirhemine ya da dinarına ihtiyacım yok. Ben para için değil İslâm’ı korumak için yardım ettim.” diyerek kırgınlığını dile getirmişti. Böylece Danişmend Gazi ve Sultan I. Kılıç Arslan’ın arası açıldı.Bu olaydan sonra Sultan Kılıç Arslan, Danişmend Gazi’ye saldırmak için sürekli fırsat kollamaya başlamıştı. Danişmend Gazi’nin hasta olduğunu duyunca Elbistan ve Zıbatra (Doğanşehir)’yı zapt ederek Malatya üzerine yürüdü. Danişmend Gazi sağlığına kavuşunca ise onun üzerine yürüdü. Maraş yakınlarında Sultan I. Kılıç Arslan’a karşı uğradığı mağlubiyet Gümüştegin Gazi’nin itibarını çok sarstı. Bu olaydan yaklaşık bir yıl sonra 1104 yılında Gümüştegin Gazi, Sivas’ta vefat etti. Danişmend Gazi’nin vefatı Selçukluların bu coğrafyada ki etkinliğini artırdı.
I.Kılıcarslan’ın (1107) yılında ölümü üzerine oğlu Tuğrul Arslan Malatya’da sultan ilân edildi. Tuğrul Arslan’ın annesi Ayşe Hatun, Artuklu Beyi Belek bin Behrâm ile evlenerek onu oğluna atabeg tayin etti. İdareye hâkim olan Belek, bir süre sonra Malatya ve Elbistan’ı da beyliğine ilhak ederek hâkimiyet alanını genişletti. Belek’in 1124 öldürülmesinin ardından Dânişmendli Hükümdarı Emîr Gazi, Malatya Meliki Tuğrul Arslan ile Harput Artuklu Emîri Süleyman arasındaki ihtilâflardan faydalanarak şehre hücum etti ve uzun süren bir kuşatmadan sonra Malatya’yı teslim aldı (1124). Danişmendliler’in birbirleri ile uğraşması esnasında bu beyliğin zayıfladığını gören Bizanslılar, Yağısıyan (Yağıbasan) ile savaşarak Trabzon, Kastamonu ve Sinop taraflarını zapt etti. Danişmendli Beyliği’ni Rumlar’ın işgal etmesinden çekinen Anadolu Selçuklu Sultanı Mesud, gerçekte Danişmendli Beyliği’ni ele geçirmek, görünüşte ise yardım etmek için Güdül Bey emrindeki bir kuvveti Danişmendli Sultanı Yağıbasan’a gönderdi. Kendisi de birbirleri ile uğraşan diğer Danişmendli beylerini dağıtarak Kayseri ve Sivas taraflarını ele geçirdi. Daha sonra da Güdül Bey’in arkasından Amasya’ya geldi. Yağıbasan’ı Niksar’a göndererek Amasya’yı idare merkezi olarak seçen Sultan Mesud, 1143’de Danişmendli arazisini Anadolu Selçuklu idaresine bağladı. Dânişmendliler’in Malatya’daki hâkimiyetleri uzun süre devam etti. Anadolu Selçuklu Sultanı I. Mesud Malatya’yı 1143 ve 1144’te iki defa kuşattıysa da alamadı. Sultan Mesud 1152 yılında üçüncü defa Malatya üzerine yürüdü ve şehrin surlarını tahrip etti. Bunun üzerine Dânişmendli Emîri Zülkarneyn annesiyle birlikte sultanın huzuruna çıkıp af diledi. Sultan da kendisine tâbi olması şartıyla Zülkarneyn’in Malatya’daki hâkimiyetini devam ettirmesine izin verdi. Böylece Danişmentliler Selçuklu hakimiyetini kabul etmiş oldu. Selçukilerin bu coğrafya üzerinde etkinlikleri artarken siyasi, sosyal ve kültürel olarak hakim unsur haline geldiler. Ancak bu coğrafyanın stratejik olarak önem arz etmesi her dönemde hakimiyet mücadelesini kaçınılmaz bir hale bürüdü.
